L'hypothalamus a une fonction de contrôle de l'hypophyse en stimulant ou en inhibant la sécrétion d'hormones par cette dernière.

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L'hypophyse régule le fonctionnement d'autres glandes comme la thyroïde, les surrénales et les glandes sexuelles (ovaires ou testicules). Elle sécrète aussi l'hormone de croissance ainsi que la prolactine